Kerat-kerat badan ikan tongkol, lalu lumuri dengan garam dan air jeruk nipis. Sisihkan sebentar agar meresap.

Panaskan minyak goreng dalam wajan, tumis bumbu halus (bawang merah, cabai, jahe, kunyit) hingga mengeluarkan aroma harum. Angkat.

Dalam sebuah wadah, campurkan bumbu halus yang sudah ditumis dengan Kecap Sedaap, daun bawang, daun jeruk, kecombrang, tomat, cabai rawit, dan daun kemangi. Aduk hingga bumbu tercampur rata.

Siapkan 2 lembar daun pisang, letakkan 2 batang serai di atasnya. Tambahkan ¼ bagian campuran bumbu, lalu letakkan ikan tongkol di atas bumbu tersebut.

Tambahkan lagi ¼ bagian bumbu di atas ikan secara merata. Bungkus daun pisang dengan rapat dan sematkan kedua ujungnya menggunakan tusuk gigi.

Kukus pepes dalam dandang yang sudah dipanaskan selama kurang lebih 60 menit hingga matang sempurna. Angkat dan biarkan agak dingin.